太赫兹研究院实行理事会下的院长负责制
理事会
理事会是太赫兹研究院最高决策机构。设理事5人，其中包括理事长1人、副理事长4人。
专家委员会
由国内外知名专家组成，负责技术指导和太赫兹领域标准制定。
院长
太赫兹研究院设院长1名，执行院长1名，实行理事会领导下的院长负责制，负责研究院的运营管理工作。
三大研究中心
研究中心将作为太赫兹应用研究、实验平台，服务深圳市太赫兹科技创新产业。设有三大研究中心:太赫兹辐射与探测中心、太赫兹光谱与成像中心和太赫兹通信中心。
太赫兹辐射与探测中心
太赫兹辐射与探测中心致力于开发高性能太赫兹时域光谱仪，用于制定相关产业领域太赫兹应用的解决方案；攻克高性能太赫兹辐射源和探测器的核心技术，研究器件的材料、设计以及制备工艺；开发高功率、高可靠性、超宽带的室温太赫兹器件。目前拥有本领域的多名核心关键人才，具有相关理论研究、设计、工程工艺以及系统集成等相关方面的研究队伍。
太赫兹光谱与成像中心
太赫兹光谱与成像中心致力于研发太赫兹人体安检仪，此设备可以解决机场、海关、大型会展中心、政府要职部门、体育场馆等重要场所的安检工作难题，能探测到金属物质，还可以探测到诸如陶瓷刀具、毒品粉末、液态炸药、胶体炸弹等非金属危险物质。从而实现对藏匿在人体的危险品进行快速、高效、非接触式的安全检查。
太赫兹通信中心
太赫兹通信中心是太赫兹研究院在太赫兹产业的长期部署方向。面向高频高带宽通信行业，面对室内高速通信网络及远距离高速通信需求的不同应用场景，中心致力于毫米波及太赫兹通信系统的研发，远期目标包括开展毫米波太赫兹卫星通信载荷及星地链路研究及产品开发；军用、警用及证券交易市场等大数据流无线通信系统开发；室内大容量无线组网、消费产品大容量无线通信产品开发等。
太赫兹检测 & 应用中心
太赫兹检测 & 应用中心专注于产品的功能性能检测和产品应用的拓展开发，通过仪器共享和应用示范吸引潜在客户，带动研究院产品的市场推广和太赫兹技术的应用发展。
平台研发部
平台研发部面向市场及客户需求，承担研究院新产品的生产试制职能，并致力于研究院通用硬件、软件、结构、工艺等技术的应用研究，不断提升产品的市场竞争力，为客户提供高品质的产品。
综合管理部
负责太赫兹研究院、国内外研发机构及太赫兹元器件公司的联系和商务交流。太赫兹研究院的对外窗口，负责太赫兹相关技术交流及服务。
